Pero ese monstruo de hormigón y cristal puede convertirse en un problema para la zona, si las afirmaciones del geólogo Chen Horng Lin, profesor de la Universidad de Taiwán, son ciertas. Según Chen Horng Lin el edificio ha provocado tensiones en la corteza terrestre y ha aumentado el riesgo de sufrir terremotos en la zona. Todo debido a su descomunal peso, estimado en 700.000 toneladas, que podría haber hecho una presión tal como para alcanzar la corteza terrestre superior debido a los sedimentos de rocas extremadamente suaves que conforman el subsuelo de la zona y haber reabierto una antigua falla sísmica bajo Taipei.

Para tales afirmaciones el geólogo se basa en que antes de iniciarse la construcción del edificio en 1997 sólo había un temblor al año de una magnitud no superior a 2 en la escala Richter. Durante las obras, que duraron hasta 2004, ya se registraban dos terremotos por año y ya concluidas éstas ha habido dos seísmos de 3,8 y 3,2 justo debajo del Taipei 101.

Ante la polémica abierta por Cheng Horng Lin otros expertos dudan que el rascacielos haya causado unos efectos tan perjudiciales, pero se ponen en entredicho otras construcciones faraónicas de la zona, como la presa de las Tres Gargantas, llevada a cabo en la China continental.